En la dilatada y fecunda existencia de Saint-Saens se pueden reconocer dos etapas esenciales. La primera, dedicada a la composición y a la realización de innumerables actividades musicales en París; la segunda, después de los cuarenta años, libre ya de compromisos profesionales, destinada a giras concertistas y a largos viajes a través de casi todos los continentes.
En 1853. Saint-Saens es organista en la iglesia de Saint Merry, cargo que ocupa durante cuatro años, luego pasa en idéntica función a la Madeleine. A ese mismo año pertenece su Primera Sinfonía en mi bemol, enviada al editor Seghers quien lo inducía a componer; el perspicaz editor deparó al músico de dieciocho años un éxito prestigioso ocultando su nombre. Informó a los organizadores de los conciertos que aquella Sinfonía, procedente de Alemania, pertenecía a un autor desconocido. En el programa del 18 de diciembre de 1853, en lugar del nombre del autor aparecen tres asteriscos con esta nota al pie. El manuscrito
de esta Sinfonto ha sido remitido sin indicación de autor a la Comisión la que, luego de un atento examen, no ha dudado en hacer ejecutar la obra. Así el joven Saint-Saens al asistir a la presentación pudo escuchar impunemente a Berlioz y Gounod discutir sobre las cualidades y defectos de la Sinfonía es anónima y realizar grandes elogios sobre el autor desconocido. Al conocerse la verdad, Gounod dirigió una carta a Saint-Saèns que hace honor a quien la escribió y a quien iba dirigida. «No puede caminar mi alegría», escribe Gounod. Usted está por encima de su edad y recuerde que el domingo 18 de diciembre de 1853, usted ha contraído el compromiso de ser un gran maestro.» La Sinfonía, publicada en 1855 por Richault y después por Durand como Op. 2, fue ejecutada en 1856 y en 1857 pero ya con éxito menor pues se consideraban con desconfianza las obras de Saint-Saëns, autor clasificado entre los músicos del porvenir que escribían música erudita y perjudicial demasiado diferente del estilo nacional afirmado en el teatro.
En los años sucesivos nacen otras composiciones importantes, entre ellas otra Su/onta en la titulada Una poma galardonada en el concurso de la Sociedad de Santa Cecilia de Burdeos Fue ejecutada en los conciertos Pasdeloup el 15 de febrero de 1857 por el propio autor quien ese mismo año se despedía como organista de la iglesia de Saint Merry con una Misa a cuatro voces, coro y órgano. Una obra capital,le escribiría más tarde Lisa Ti pero sobre todo plena de elevación; es como una magnífica catedral educada en la cual Bach tiene su capilla durante el verano de ese mismo año. Saint Saens visita Italia recibiendo una impresión imborrable de sus museos y de la música de Palestrina escuchada en la Capilla Sixtina en diciembre ocupa el cargo de organista en la Madeleine, entonces la parroquia más mundana y más frecuentada de París en la que tengan lugar grandiosas ceremonias. Daba comienzo así a aquella época de veinte años (hasta 1877) que dio al músico de las mayores alegrías de su existencia descollando especialmente como organista. El órgano, dijo en 1911, es un instrumento evocador, a su contacto la imaginación despierta lo insospechado surge de lo profundo del inconsciente. Tal fue la primera manifestación de una predilección instrumental y tímbrica que más tarde asimilaba a la orquesta al componer su Tercera Sinfonía que es la última.
Al órgano de la Madeleine acudían amigos y discípulos y lo escuchaban músicos como Clara Schumann. Robert Franz Liszt, el pianista Rubinstein y el violinista Sarasate. San Francisco de Asís predicando a los pájaros, ejecutado en el órgano conmovió profundamente a Liszt que consideraba imposible la creación de su obra fuera del piano y proclamó a Saint-Saens el primer organista del mundo.
A pesar de escribir obras religiosas y páginas para órgano, Saint-Saens no abandonó el género orquestal, entre julio y septiembre de 1859 compuso su Segunda Sinfonía en la menor op. 55 que se escuchó el 25 de marzo siguiente en el Conservatorio. Realizó asimismo muchas transcripciones pianísticas de páginas de Beethoven (Las ruinas de Atenas), Mendelssohn (Sueño de una noche de verano), Chopin, Gluck, Berlioz (La condenación de Fausto), Gounod (Fausto) y comienza a sentir atracción hacia el teatro componiendo una escena para Macbeth y para el Horace de Corneille.
