Es difícil establecer el origen de este noble instrumento de viento. Lo único que se sabe con certeza es que, junto con algunos instrumentos de percusión, pertenece a los orígenes de la música. Desde su primordial forma de silbato con embocadura directa sin orificios con la posibilidad de emitir un solo sonido, la flauta fue adquiriendo una estructura característica propia que nos permite diferenciarla, a lo largo de milenios, de otros instrumentos de viento. Los hallazgos arqueológicos nos muestran que ya en la Prehistoria se construían una serie de flautas primitivas con diversos materiales, desde cañas y maderas hasta huesos de animales. Asimismo, instrumentos similares aparecen entre ciertas tribus que aún viven hoy en estado primitivo.
Además, las pinturas y los bajorrelieves del antiguo Egipto representan, junto con varios tipos de instrumentos de percusión y de arpas, algunos de viento, generalmente considerados como flautas, desde la sebauta oblicua, una arcaica especie de flauta oblicua de un metro y medio de longitud, hasta varios tipos de flautas rectas de diversas longitudes que se tocaban también con tubos acoplados (flautas Maura dobles), entre los egipcios, por cuanto su creación era atribuida a Osiris. La flauta aparece con características bastante similares en todas las civilizaciones antiguas, tanto mediterráneas como orientales (asirio-babilónica, hitita, sumeria, hindú, china, etcétera) y también en las desaparecidas civilizaciones de los mayas y los aztecas. No es el caso extendernos en la descripción de las antiguas flautas, no solo porque carecemos de datos seguros, sino porque existe gran cantidad de publicaciones sobre el tema. Nos limitaremos a recordar la presencia del instrumento en la mitología clásica. Cuenta la leyenda que Pan, dios de los bosques y las praderas, se enamoró de la ninfa Siringa. Para huir del indeseado amante, Siringa invocó la protección de Gea, quien la transformó en caña palustre. Cuando Pan intentó abrazarla, tuvo entre sus brazos un manojo de cañas que gemían al soplo del viento. Entonces, pensó en reunir algunas de longitud decreciente para formar un instrumento musical. Así nació la flauta de Pan o siringa, llamada Syrinx polykalamos. R. Bragard y F. J. De Hen, en su obra «Los instrumentos musicales en el arte y la historia», expresan que los orígenes de la Syrinx polykalamos son muy remotos. Según la época y el lugar, consta de cinco a trece cañas de longitud decreciente, colocadas una junto a la otra.
Los griegos y los romanos nunca usaron la flauta en sus recitales o conciertos porque la consideraban un instrumento con escasas posibilidades; solo era comúnmente utilizada por los pastores. En cambio, tuvieron amplia difusión en las fiestas dionisíacas y en otras manifestaciones de la Grecia antigua la flauta recta o aulos y la flauta doble o diaulos. Conviene recordar que con el nombre genérico de aulos se indican muchos tipos de instrumentos de viento con embocadura de pico y de lengüeta, y por lo tanto, están en el origen no solo de la flauta sino también del oboe.
Los antiguos romanos heredaron de los griegos y de sus vecinos los etruscos una serie de instrumentos de viento, indicados con el nombre genérico de tybia, que no eran más que diversos tipos de flauta. Tales instrumentos, tanto en Grecia como en Roma, se usaban en ocasiones especiales como bodas, funerales, sacrificios, etcétera, y en el teatro. Los romanos, por su carácter militar, prefirieron instrumentos más sonoros que la tybia, como la tuba, la buccina y el lituus, atribuyendo a la flauta un carácter esencialmente pastoral. De los etruscos, habilísimos ejecutantes de obra, los romanos heredaron un tipo de flauta traversa, probablemente de origen oriental, que, sin embargo, los ornitólogos no coinciden en considerarlo como antepasado de la actual flauta traversa.
