A pesar del convincente análisis realizado por Berlioz, músico romántico por antonomasia, en su «Gran tratado de instrumentación y orquestación», la flauta no recibió grandes honores durante el Romanticismo. Para las partes solistas, la música instrumental del siglo XIX prefirió al más romántico de los instrumentos de viento, el clarinete. Existe, sin embargo, literatura para flauta que reúne ocasionalmente a C. M. von Weber, L. van Beethoven, F. Schubert, R. Schumann, Fauré, y C. Saint-Saëns. Una vez que abandonó los papeles solistas, la flauta halló una completa realización en la orquesta (Beethoven la incluyó magistralmente en sus nueve Sinfonías) y llenó una función importantísima en el melodrama al definir atmósferas melancólicas o nocturnas o directamente alucinadas, como en la famosa escena de la locura de «Lucia de Lammermoor» de Donizetti. En las óperas de V. Bellini, la flauta introduce frecuentemente de manera pasmosa las arias, como en «Casta Diva» de «Norma», donde la flauta, sobre una textura orquestal casi transparente, anticipa la melodía que la soprano entonará a la divinidad lunar perfilando una atmósfera purísima y melancólica que embriaga al auditorio. Otro magnífico ejemplo de introducción de la flauta en la ópera lo proporcionará Verdi, cuando, nueve años más tarde, en 1871, en la escena del Nilo en el tercer acto, el susurro pronto ritmo de la flauta en registro grave y medio, va creando una atmósfera vagamente alusiva de inspiración naturalista, dando un anticipo del tema etéreo del Impresionismo que hará amplio uso de este tipo de emociones musicales. Además, recordemos que sólo en el siglo XIX la flauta alcanza la definitiva plenitud técnica gracias a la aplicación de las llaves ideadas por Boehm y a la adopción del metal como sustitutivo a la madera en la construcción del instrumento.
